Le razzie e i saccheggi delle popolazioni barbariche subirono una battuta d’arresto con l’insediamento dei Longobardi, nel 568 d.C. Questa popolazione – entrata dall’arco alpino in Italia e guidata nei primi tempi dal re Alboino – ristrutturò la fortificazione romana presente nell’area dell’attuale convento della SS. Annunciata facendo di Rovato il centro principale dell’antica Franciacorta. Con la conversione dei Longobardi al cattolicesimo – curata dal pontefice Gregorio Magno, durante il regno di Agilulfo – la storia religiosa e quella civile della zona s’intrecciano. I longobardi, infatti, attribuirono all’area del monte Orfano, già loro sede giurisdizionale, anche la funzione di centro del culto cristiano. Circostanza confermata dall’edificazione della chiesa di S. Michele, posta sulla cima del Monte Orfano a pochi passi dal convento. S. Michele rappresenta infatti l’angelo guerriero patrono dei Longobardi. L’ubicazione nei pressi di una sorgente e l’analisi della struttura architettonica confermano l’origine longobarda della chiesa datata presumibilmente tra l’ottavo e il nono secolo d.c.